La città di San Francesco sorge alle pendici del Monte Subasio e domina la valle sottostante con la sua storia e i suoi splendidi monumenti. Ancora oggi Assisi accoglie durante tutto l'anno turisti e pellegrini, che fanno della città la regina del turismo della regione.

Fondata dalle popolazioni umbre secoli prima di Roma, fu in costante conflitto con gli Etruschi che abitavano la città di Perugia, fino alla conquista romana nel II secolo a.C.
Nel III secolo d.C. il Cristianesimo si diffuse nella città, grazie anche a san Rufino, oggi patrono di Assisi la cui tomba è ospitata dalla cattedrale.
La città conobbe un lungo periodo di instabilità politica e militare dalla caduta dell'Impero romano in poi, prima per via delle invasioni barbariche, in seguito a causa del saccheggio dei Goti e alla conquista da parte di Bizantini e Longobardi poi.
Nel 1174 Federico Barbarossa assedio e conquistò Assisi (a lui si deve la costruzione della Rocca maggiore), fino a quando non fu cacciato 20 anni dopo. Stessa sorte conobbe Federico II di Svevia, grazie anche al carisma di Santa Chiara (a cui oggi è dedicata la Basilica).
Di qui in poi continui scontri tra Guelfi e Ghibellini e varie conquiste segnarono Assisi.
Nel mezzo, tra il 1181 e 1182 nacque la figura più iconica della città, San Francesco. Il futuro santo rivoluzionò la Chiesa Cattolica e la sua opera segnò la storia del luogo per sempre. A lui sono dedicate la Basilica Superiore ed Inferiore, la cui costruzione fu dovuta anche a Frate Elia, generale dell’ordine monastico francescano fondato dal Santo.
Nel '500 la conquista da parte di papa Paolo III donò pace e tranquillità alla città, fino alle guerre Napoleoniche del 1799, quando il generale Napoleone Bonaparte saccheggiò Assisi.
Nel 1860 aderì poi allo Stato Italiano, superò le due guerre mondiali indenne (fu anche occupata dai tedeschi) e fu scossa "solo" dal terremoto del 1997, che portò anche al crollo della volta della Basilica Superiore di S. Francesco.

Dal 2000 la città di Assisi, la Basilica Papale di San Francesco, quella di Santa Maria degli Angeli e gli altri luoghi francescani, con la quasi totalità del territorio comunale, costituiscono un sito inserito nella lista del Patrimonio Mondiale UNESCO.